Audytorzy przeprowadzający audyt są odpowiedzialni za ocenę zgodności systemu zarządzania środowiskowego organizacji z wymaganiami normy ISO 14001 oraz ocenę jego skuteczności. Na podstawie wyników audytu, sporządzają oni raport, który przedstawiają jednostce certyfikującej.

Decyzja o przyznaniu certyfikatu nie jest jednak bezpośrednio podejmowana przez audytorów – to jednostka certyfikująca podejmuje ostateczną decyzję na podstawie raportu z audytu i rekomendacji audytorów. Często jest w jednostce certyfikującej specjalny komitet lub osoba odpowiedzialna za podejmowanie decyzji o certyfikacji.

Należy zauważyć, że audytorzy są kluczowymi aktorami w procesie certyfikacji, ale ich rola polega głównie na ocenie systemu zarządzania środowiskowego i jego skuteczności, identyfikacji niezgodności i wskazaniu potencjałów do doskonalenia (jeśli nie mają one charakteru usług doradczych, bo realizacja podczas audytu usług doradczych jest audytorom zabroniona), a nie na podejmowaniu ostatecznej decyzji o przyznaniu certyfikatu.