W przypadku jeśli audytorzy stwierdzą niezgodność podczas audytu certyfikującego ISO 14001, audytorzy jednostki certyfikującej zwykle dokumentują te niezgodności i przekazują je organizacji do podjęcia działań naprawczych.

Niezgodności są zazwyczaj klasyfikowane jako „istotne /krytyczne” lub „małe”:

• Istotne /krytyczne niezgodności: Są to poważne naruszenia wymagań normy ISO 14001, takie jak brak kluczowego elementu systemu zarządzania środowiskowego. Niezgodności te zazwyczaj uniemożliwiają wydanie certyfikatu do czasu ich usunięcia.

   

• Małe niezgodności: Są to mniej poważne naruszenia, które nie wpływają na ogólną skuteczność systemu zarządzania środowiskowego. Organizacja musi podjąć działania naprawcze i korygujące w odpowiednim terminie, ale te niezgodności zwykle nie uniemożliwiają wydania certyfikatu.

   

Po identyfikacji niezgodności, organizacja musi zaplanować i podjąć działania korekcyjne (naprawcze) i korygujące, które mają na celu usunięcie przyczyn niezgodności, aby zapobiec ich powtarzaniu się. Informacja o zaplanowanych działaniach musi zostać przekazana do jednostki certyfikującej, która oceni, czy są one odpowiednie.

Jeśli jednostka certyfikująca uzna dowody wprowadzenia działań lub przedstawiony jej plan działań, certyfikat ISO 14001 może zostać wydany. Jeżeli jednak niezgodność nie została odpowiednio rozwiązana lub w przypadku, gdy weryfikacja dowodów usunięcia niezgodności i przeprowadzenia działań korygujących tego wymaga, może być wymagane przeprowadzenie dodatkowego audytu przez jednostkę certyfikującą, zanim certyfikat zostanie wydany.